Одобрен протокол за интеграция на геномното секвениране в наблюдението на SARS-CoV-2

 

 

Геномното секвениране е важен инструмент за епидемиологично наблюдение на пандемията, причинена от коронавирус на SARS-CoV-2. Снимка: Genotipia.

Докладът за сигнали и планове за готовност и реагиране, управителен и мониторингов орган на Националната система за ранно предупреждение и бързо реагиране, (и зависим от Комисията по обществено здраве), одобри протокол за интегриране на геномното секвениране в надзора на SARS-CoV -2, за определяне на честотата на генетичните варианти на вируса и идентифициране на нови варианти, представляващи интерес за населението.

Както се случва при всички вируси и както се очакваше, от появата си преди малко повече от година, коронавирусът на SARS-CoV-2 претърпя промени в своя геном. Повечето мутации, които се появиха до сега, нямат вид да оказват значително влияние върху биологията на вируса или връзката му с човешкия гостоприемник. Съществува обаче възможност да се появят мутации, които да повишат неговата инфекциозност, да го направят по-устойчив на имунния отговор или да компрометират работата на ваксините.

Протоколът за интегриране на геномното секвениране в наблюдението на SARS-CoV-2 има за цел определянето на честотата на вариантите, представляващи интерес за общественото здраве, ранното идентифициране на нови варианти, които увеличават предаването или вирулентността, или могат да повлияят на епидемиологичния контрол, идентифицирането на уязвими групи, свързани с инфектиране от новите варианти, и извършването на проучвания върху въздействието на вариантите върху патогенността, диагнозата или лечението.

За постигане на целите ще бъде създадена мрежа от референтни лаборатории, координирани от Министерството на здравеопазването в сътрудничество със здравния институт Карлос III (ISCIII). Националният център по микробиология ISCIII ще действа като централен възел на лабораторната мрежа и ще предоставя подкрепа за секвениране и биоинформатичен анализ в автономни общности, които нямат достатъчен капацитет за изпълнение на тези задачи. Той ще отговаря и за предаването на резултатите на международните агенции за наблюдение.

Протоколът, който ще бъде подложен на постоянно преглеждане в зависимост от развитието и новата информация, която се получава за инфекцията от SARS-CoV.2, включва процедурата и принципите за идентифициране и мониторинг на циркулиращите варианти в Испания, както и случаи и ситуации, при които ще бъде посочено секвениране поради подозрение за наличието на вариант, представляващ интерес за общественото здраве. И в двата случая информацията ще бъде изпратена до Испанската система за наблюдение на Националния център по епидемиология.

Одобрението на интеграцията на геномното секвениране в наблюдението на SARS-CoV-2 е направено скоро след като Европейската комисия настоя да се увеличи степента на секвениране, докато се достигне най-малко 5% и за предпочитане 10% от положителните резултати за тестове за COVID-19. Ранното откриване на циркулацията на вариантите чрез геномно секвениране в целевите групи и определянето на честотата на случаите на споменатите варианти в популацията представляват една от мерките, подчертани от Европейския център за профилактика и контрол на заболяванията, за да се ограничи предаването на варианти в общността в интерес на здравето, които привличат вниманието поради наличието на мутации, способни да увеличат предаваемостта и вирулентността на вируса или да повлияят действието на ваксините или неутрализиращите антитела при хора, които са предали инфекцията.

Протоколът е на разположение в: https://www.mscbs.gob.es/profesionales/saludPublica/ccayes/alertasActual/nCov/documentos/Integracion_de_la_secuenciacion_genomica-en_la_vigilancia_del_SARS-CoV-2.pdf

Източник: Aprobado el protocolo de Integración de la Secuenciación Genómica en la Vigilancia del SARS-CoV-2

Превод от испански: Лиляна Петрова