В търсене на произхода на коронавируса на SARS-CoV-2
Анализът на генома на коронавируса SARS-CoV-2, отговорен за болестта COVID-9, даде отговори на някои въпроси относно вируса, но един от основните въпроси остава да бъде решен, какъв е точният му произход.
Произхожда от природата
По-малко от два месеца след първия регистриран случай на лице, заразено със SARS-Cov-2, анализът на вирусната последователност недвусмислено го обозначи като коронавирус. Този тип вирус има способността да скача и да се адаптира от един вид към друг, причинявайки инфекциозни заболявания, наречени зоонозни, което насочи към идеята за възможен животински произход на вируса. Всъщност няколко изследователи вече бяха предупредили, че свойството на коронавирусите да прескачат от един вид на друг е бомба със закъснител, която всеки един момент би могла да причини пандемия като тази, която ни засяга в момента.
Също така характеризирането на SARS-CoV-2 като коронавирус затвърди ранните хипотези, че вирусът е могъл да се появи на пазар в Ухан, където се продават диви животни. За съжаление, демонтирането на пазара малко след началото на огнището попречи на възможността да се разследва в дълбочина кое животно е могло да даде началото на инфекцията.
Без възможността да сравняват генома на SARS-CoV2 с проби, взети от пазарни животни, изследователите се обърнаха към бази данни. По този начин следващата стъпка, необходима за да се прецени произхода на SARS-CoV-2, бе да се сравни последователността на неговите бази с тази на други коронавируси, вече идентифицирани при хора или други видове бозайници. Това сравнение даде важна информация за възможния му произход, но също така повдигна нови въпроси за това как се е случило.
Прилепи и панголини, свързани с произхода на SARS-CoV-2
Първите кандидати за видовете, от които произлиза SARS-CoV-2, са прилепите. Тези животни са много важен резервоар за коронавируси и са намерени коронавируси, много сходни на SARS-CoV-2 в проби, получени от тях. Въпреки това не може да се установи пряка връзка между тези коронавируси и SARS-CoV-2, което насочва към мисълта за възможен междинен гостоприемник. Един възможен кандидат е панголинът. От проби, взети от спасени от незаконна търговия панголини, са идентифицирани коронавируси, много подобни на SARS-CoV-2, и по-специално в регион, критичен за свързването на вируса с клетката гостоприемник. Този резултат предполага панголина като междинен вид.
„Ролята, която изиграха панголините при появата на SARS-CoV-2 (причината за COVID-19), все още е неясна“, казва Едуард Холмс, еволюционен вирусолог от Университета в Сидни, който е участвал в характеризирането на геном на вируса и в изследване на неговия произход. "Въпреки това е поразително, че панголиновите вируси съдържат някои геномни области, които са тясно свързани с човешкия вирус."
За да се задълбочи темата, ще е необходимо да се вземат проби от коронавирус от прилепи от района на Хубей, откъдето произхожда пандемията COVID-19, и нови проби от панголини или други видове.
Каква е еволюционната история на вируса?
Въпреки че всичко показва, че вирусът SARS-CoV-2 е възникнал при прехвърляне от животно, точните стъпки са неизвестни. Все още липсват парчета в еволюционната история на вируса, за да се завърши подробна картина на случилото се на всеки етап. Например, геномът на коронавирусите, получен от панголин, показва вариация в свързващия домен на протеин S, който участва в свързването и навлизането в клетките гостоприемници. Тази характеристика присъства и в човешкия SARS-CoV-2, но не се намира в сходни коронавируси, изолирани от прилепи. Това подкрепя факта, че вирусът първо е скочил от прилеп на панголин, придобил е тази промяна и след това е скочил на хората.
Геномът на SARS-CoV-2 обаче има и друга характеристика, отсъстваща от генома на коронавирусите, изолирани от прилепи и панголини: последователност, която благоприятства разцепването на пептидите, изграждащи протеин S. Все още не е известно дали тази промяна се е появила в друг вид преди трансференцията или е настъпила след това в човешкия вид. Отговорът на този въпрос би могъл да бъде от интерес за определяне на предишно излагане на хора на SARS-CoV-2.
Отхвърлен синтетичния произход
Когато възникне толкова агресивен патоген като SARS-CoV-2, не закъснява и въпросът дали това не е програмирано биологично оръжие, освободено умишлено или по случайност.
Първите анализи на генома на SARS-CoV-2 предполагат, че няма доказателства той да е създаден или манипулиран. Структурата на генома не е това, което би съответствало на манипулация на генома. Нищо не показва, че е създаден по модела на друг вирус. Освен това неговата последователност не е оптимизирана, за да породи протеини с по-висок афинитет към неговия рецептор в гостоприемника. "Просто няма доказателства, че SARS-CoV-2, причинителят на COVID19, е възникнал в лаборатория", отбелязва Холмс. „Това всъщност е естествено явлеие на избухване на заболяване, за което изследователи в района като мен предупреждават от много години.“
На какви въпроси остава да се отговори?
Пъзелът за произхода на ТОРС-CoV-2 е непълен. Холмс се надява, че анализът на генома на други коронавируси, получени от други видове, може да предостави нова информация, която да допринесе за някои от липсващите парчета в историята на вируса. Досега геномният анализ на проби от околната среда от пазара разкрива вирусни проби, подобни на тези, взети от първите пациенти на Ухан. Но някои неизвестни остават. Например Холмс посочва, че не всички първи случаи на вирусна инфекция са били свързани с този пазар, така че може би въпросът как е възникнал вирусът, е по-сложен.
Предпазване за в бъдеще
Перфектна епидемиологична буря. Ето как Холмс и Йонг-Жен Чжан, изследовател от Университета Фудан в Шанхай, Китай, описват COVID-19, болестта, причинена от SARS-CoV-2. И двамата автори изтъкват две характеристики на коронавируса, допринесли за това име: той има способността да скача между видовете и е силно вирулентен респираторен вирус.
Способността на коронавирусите да прескачат от един вид на друг кара човек да предскаже, че SARS-CoV-2 няма да е последният, който го прави. В този смисъл разследването на коронавируса на SARS-CoV-2 е жизненоважно, за да бъдем подготвени за бъдещето.
Холмс и Джанг вече са измислили някои стъпки, които трябва да бъдат предприети за предотвратяване на бъдещи пандемии, причинени от коронавирус. Те включват наблюдение на коронавирусите, присъстващи в различни видове бозайници, действия срещу незаконния трафик на диви екзотични животни и елиминирането на диви бозайници и птици от пазарите.
Публикувано на 1 април 2020
Amparo Tolosa, Genotipia
Източник: Acotando el origen del coronavirus SARS-CoV-2
Referencias:
Zhang YZ y Holmes EC. A Genomic Perspective on the Origin and Emergence of SARS-CoV-2. Cell. 2020. Doi: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.03.035
Lam TTY, et al.. Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins. Nature. 2020. DOI: 10.1038/s41586-020-2169-0
Andersen KG, et al. The proximal origin of SARS-CoV-2. Nat Med. 2020. https://doi.org/10.1038/s41591-020-0820-9
Fuentes: COVID-19: the genetic quest to understand the virus. https://www.sydney.edu.au/news-opinion/news/2020/03/27/genetic-quest-to-understand-covid-19-coronavirus.html
Коментари
Публикуване на коментар