COVID 19

 Коронавирус от Wuhan: Какво знаем за него?

Началото на 2020 се изпълни с несигурност и съмнения поради появата на нов и опасен вирус в града Ухан в Китай. На 31 декември 2019 година, китайските власти отбелязаха общо 27 случая на пневмония, всичките от непознат произход. До 7 януари остава непостигнато определянето на причината за тези респираторни проблеми: един нов тип коронавирус, който е наречен коронавируса от Ухан. Но въпреки, че в медиите се разнесе ехото за неговата опасност, не всички говорят за това, какво реално се знае за този тип вирус. Искаш ли да научиш още? Продължавай да четеш.

Какъв е произходът на този вирус? Както съобщават китайските власти на 31 декември, всички инфекции с вируса изглеждат да са тясно свързани с пазар в град Ухан, пазара на морски дарове в Хуанан, на който се продават и прилепи, и други видове диви животни. Основната хипотеза за появата на вируса е, че това е зооноза, тоест случайно прехвърляне на свързан с животински вид вирус върху хората. На 22 януари 2020 г. Journal of Medical Virology, медицинско списание, публикува първи доклад, който отразява, че въз основа на геномно секвениране на вируса и на видовете в района, най-вероятно е основният резервоар на вируса да е вид змия. Статията, актуализирана в Nature на 23 януари обаче, показва скептицизъм от страна на голяма част от научната общност, която не смята, че има достатъчно доказателства в подкрепа на участието на змии. Все още се проучва дали вирусът е свързан с консумацията на месо от прилепи, което традиционно се консумира в супи в някои райони на Ухан.

Какво представлява коронавирусът? Подобно на останалите вируси, коронавирусът е неклетъчен инфекциозен агент. Конкретно, всеки коронавирус се състои от:

• Едноверижна РНК молекула с дължина 30 000 kB (базови двойки, 1кb = 1000 базови двойки (pb).
• Нуклеокапсид, образуван от протеин N, който уплътнява РНК веригата в ограничено пространство.
• Липидна мембрана, изградена от двоен слой липиди, подобнa на тази на нашите клетки.
• Батерия от мембранни гликопротеини, свързани с инфекция (М протеин, W протеин, S протеин, ...) Ето една проста схема на коронавирус:

В момента са известни около 40 вида коронавирус и само 7 от тях засягат хората. От тези коронавируси, описани при хората, наскоро откритият в Ухан не е най-вирулентният. Два много по-вирулентни коронавируса, коронавирусът на ТОРС и коронавирусът MERS, са описани през 2000-те. В действителност, респираторният синдром в Близкия изток, причинен от коронавирус на ТОРС, има смъртност от 30%, докато този, свързан с новия коронавирус на Ухан, се оценява на много по-нисък от 11%.

Какви симптоми имат заразените с този вирус?

Известно е, че коронавирусът на Ухан, както и много други коронавируси, засяга предимно дихателната система. Този тип вирус обаче е открит съвсем наскоро и следователно не може да знаем всичките му симптоми. Досега е описано следното:

• Силна кашлица
• Затруднено дишане
• Възпалено гърло
• Мускулна болка
• Главоболие
• Умора
• Треска
• Пневмония (при тежки случаи)
• Запушване на носа
• Тежък остър респираторен синдром (в тежки случаи)
• Бъбречна недостатъчност (при тежки случаи)

Как се разпространява? Начинът на предаване между хората все още не е известен със сигурност. Последната хипотеза е, че вирусът може да се предава от един човек на друг по въздуха, в малки капчици слюнка, които болният отделя при кашляне или кихане. Поради тази причина Световната здравна организация (СЗО) препоръчва да се покриват устата и носа при кихане или кашляне за всички засегнати от остра респираторна инфекция в области, потенциално засегнати от вируса, както и често миене на ръцете.

Какво не знаем Все още има много аспекти на този нов коронавирус, които трябва да бъдат идентифицирани, като механизма на заразяване. Възможно е и други симптоми да ни убягват при заразените и, разбира се, не знаем със сигурност произхода на този нов вирус. Впечатляващо е обаче колко много неща са открити за по-малко от месец след идентифицирането на вируса, благодарение на всички професионалисти, изследователи и изследователки, които продължават да работят по дешифрирането на този нов, интригуващ и наноскопичен инфекциозен агент, коронавирусът на Ухан.

Публикувано през Февруари 4, 2020 от Rubén Megía González (Координатор Отдел Образование)

Източници:

Ji W, Wang W, Zhao X, Zai J, Li X. Homologous recombination within the spike glycoprotein of the newly identified coronavirus may boost cross-species transmission from snake to human. J Med Virol. 2020 Jan 22. doi: 10.1002/jmv.25682.

OMS: Nuevo coronavirus – China. Brotes epidémicos: actualización 12 de enero de 2020 https://www.who.int/csr/don/12-january-2020-novel-coronavirus-china/es/

OMS: Coronavirus https://www.who.int/health-topics/coronavirus

Nature, Coronavirus latest: WHO declares global emergency //www.nature.com/articles/d41586-020-00154-w

Fuente/Източник: https://genotipia.com/coronavirus/ 

Felipe Javier Chaves: “Спешното сега е да се открие вирусът”

ПУБЛИКУВАНО АПРИЛ 17, 2020

Amparo Tolosa, Genotipia 

Felipe Javier Chaves es director de la Unidad de Genómica y Diabetes del Instituto de Investigación Sanitaria del Hospital Clínico de Valencia (INCLIVA).

Фелипе Хавиер Чавес (Куенка 1969) е доктор по биология и експерт по диагностика на наследствени заболявания и изследвания в човешката генетика. Понастоящем Чавес е директор на отделението по геномика и диабет към Института за здравни изследвания към болница Hospital Clínico de Valencia (INCLIVA), където изследва генетичните основи на различни сложни заболявания и разработва протоколи генетично диагностициране. Освен това от 2013 г. той е един от основателите на Sequencing Multiplex SL (I + d + I, Seqplexing), INCLIVA Spin-off за подпомагане на научните изследвания и клиничната практика.

Чавес е главният изследовател в проекта „Откриване и бързо характеризиране на COVID-19 и пациента“, който наскоро получи финансиране от здравния институт Карлос III (ISCIII). Проектът, представен в рамките на поканата ISCIII, насочена към популяризиране на предложения, които могат да бъдат скоростно приложени в Националната здравна система, е фокусиран върху разработването на методи за бързо откриване на инфекция на SARS-CoV-2 както и получаване на генетична информация за вируса, която да допринесе за оценка на неговата вирулентност.

Разговаряхме с д-р Чавес, за да разберем по-добре този проект, както и възможните му приложения в контрола на пандемията COVID-19.

Току-що получихте финансиране за изследователски проект за откриване на SARS-COV-2 и болестта COVID-19. Каква е целта на този проект?

Проектът се състои от две фази, първата фаза е да се разработят бързи методи за откриване на вируса чрез техники за молекулярна биология и след това да се разработят процедури, които позволяват да се характеризира последователността на вируса, за да се види типа щам. Могат също да се идентифицират човешки фактори, които дават устойчивост на инфекция или които ще прогнозират лоша или добра еволюция на инфекцията. Сега спешното е да се открие вирусът. Но след известно време ще бъде важно да се знаят щамовете, които всеки индивид има и дали те са по-податливи на предаване на болестта или не.

Какви характеристики имат скрининговите тестове, които разработвате?

От една страна, искаме да направим много бързи PCR тестове, които могат да осигурят резултати за 15 минути. Също така използваме изотермично амплифициране, с модификация, проектирана от Sequencing Multiplex SL, която има по-голям капацитет на амплификация и го прави за по-малко време от други съществуващи протоколи, които отнемат повече от 15 минути, за да открият резултат и имат по-ниска чувствителност.

За колко време могат да бъдат на разположение тези тестове?

Надявам се първите валидации да са след месец и оттам могат да започнат да се използват.

Същото оборудване ли е нужно, което изисква редовната PCR?

Тестовете са PCR са предназначени да се правят на лабораторно ниво, например в болница. Докато изотермичното усилване е проектирано така, че да може да се прави навсякъде. Просто се нуждаете от водна баня или печка, която може да се поддържа на определена температура. С минимално оборудване и приложение или с прост поглед можете да определите кой е носител и кой не.

Какъв тип проба ще е необходима за скрининговия тест?

Натривка от уста или носоглътка би открила вируса. Ще се опитаме да избегнем извличането на РНК, за да спестим време и да манипулираме пробата възможно най-малко. Тампоните, които вече се използват в някои болници, инактивират вируса, така че рискът, свързан с обработването на мострата и транспортирането, е много по-малък.

Във вашата лаборатория вие също разработвате протоколи за диагностика на заболявания или фармакогенетични изследвания. Има ли голямо търсене за този тип тестове?

В момента има голямо търсене на тези проучвания, макар че те се фокусират основно върху диагностиката на наследствени заболявания. Традиционните фармакогенетични и фармакогеномични проучвания ще трябва да бъдат наложени рано или късно, тъй като те определят ефективността на леченията и ние си спестяваме време в опитване на различни лекарства, за да можем от самото начало да знаем тяхната неефективност или наличието на странични ефекти. От друга страна, прецизната или индивидуализирана медицина (medicina de precisión), прилагана в онкологията, може да бъде включена във фармакогенетиката, тъй като различните мутации в тумора определят отговора на лечението.

Могат ли процедурите, които разработвате, да бъдат приложени в други изследвания?

Тези разработки ще бъдат приложими за различни видове вируси и дори за откриване на различни инфекции едновременно.

По отношение на бързите тестове, в Европа или Испания не сме свикнали да диагностицираме вирусна инфекция на същото място, където е пациентът. В други страни, особено в тропическите страни, където има ендемични вирусни инфекции или в случай на малария, може да бъде много полезно да се определи инфекциозният агент там, където се намира самият пациент. Това ще бъде направено чрез бързи тестове, базирани на изотермично амплифициране (усилване).

В момента с COVID-19 има голяма нужда да се направи такъв тип тест. Би било много интересно да може да се определи кой има вируса, за да се изолира или разпознае и да се вземат превантивни мерки. В бъдеще със сигурност може да има други пандемии и ще бъде много полезно да разполагаме с тези инструменти.

Информация за теста за откриване на SARS-CoV-2 в процес на разработка. Източник: INCLIVA.

Какви перспективи имате за теста, който разработвате?

След като веднъж имаме утвърдена процедурата, могат да се направят хиляди тестове. Например чрез PCR за един ден в лаборатория, която изисква малко оборудване и малко персонал, могат да се извършат между 5000 и 10 000 теста. Тестовете могат да се разпространяват и в други здравни центрове, където може да има хора с висок риск от заразяване и да се направят голям брой тестове.

Могат ли да се извършват мащабни проучвания за откриване на заразени хора?

Да, едно приложение би било да се проведе мащабно проучване на популацията в риск, за да се разбере кой е носител и да се предприемат подходящите мерки за изолация. Освен това човек може да е прминал болестта, симптомите и все още да има вируси, както и потенциалът да ги предаде. Това трябва да се контролира, за да се знае кой има вирусен товар и кой не. Дори още преди появата на симптомите има значително вирусно натоварване.

Пандемията на COVID-19 оказа голямо въздействие върху много аспекти, включително вър научните изследвания. В допълнение към разработването на диагностични протоколи във вашата лаборатория, вие изучавате диабет тип 2 и други метаболитни заболявания с висок сърдечно-съдов риск. Как COVID-19 влияе върху изследванията в тези области?

В момента лабораториите на практика са спрени и всички работим от къщи, анализираме данни, подготвяме проекти ... Повечето центрове са затворени и всички работят от разстояние. Това, от една страна, ще се използва за проучване на вече получените данни, но от друга страна, това предполага, че се генерират по-малко резултати в случаите, когато е необходимо да се отиде в лабораторията, за да се генерират. Работим само по онези групи, които имат проекти във връзка с COVID19.

Имате ли предвид някакъв друг проект, свързан с COVID-19?

Обмисляме някои, особено за да запълним съществуващите информационни пропуски, като вирулентността или патогенността на вирусните щамове и генетичните фактори на пациентите, както и да свържем информацията на вирусите с тази на пациентите.

Имате опит в идентифицирането на генетични предразположения за развитие на заболявания, какви подходи могат да бъдат предприети за идентифициране на генетична чувствителност към вируса?

Логичното би било да се изследва генома на заразени хора, които са развили тежко заболяване, заразени хора, които не са проявили болестта, и хора, които са били изложени, но не са били заразени. В допълнение, вирусът ще трябва да бъде секвениран във всеки случай, за да се види дали крайният резултат зависи от щама или генетиката или други фактори на всеки индивид. Генетичните изследвания могат да дадат информация за това кой и защо се заразява или кой не се заразява или реагира много добре на инфекцията. Има няколко подхода и много начини за развитие на научните изследвания.

Например известни са някои протеини, които са от съществено значение за вируса, за да ни зарази. Но вариабилността на гените на тези протеини е ниска по отношение на тяхната аминокиселинна последователност и не би обяснила разликите, които се наблюдават между пациентите. Изследването на генетичните основи във връзка с отговора на вируса също може да бъде начин за намиране на терапевтични цели. Ако човек притежава свръхактивен или неактивен протеин и това го защитава, формули могат да се търсят чрез лекарства или други методи за въздействие върху тези протеини.

Източник: https://genotipia.com/genetica_medica_news/entrevista-felipe-javier/